黑河国家森林公园水苑山庄内有一个自然学校，该自然学校是由全球最大享有盛誉的非政府环保组织——世界自然基金会资助建设的全国唯一的秦岭自然学校。

学校借鉴全球最先进的日本、台湾自然学校建设理念，分为大熊猫展示区、野生动物标本区、森林生态保护展示区、野生植物标本展示区、图书阅览区、手工作坊区、户外自然体验基地等区域。旨在通过开展多样的体验自然活动，提高人们的生态保护意识，促进人与自然、人与人和谐相处， 室内可近距离观看动植物标本、感受黑河森林原始风貌和公园员工艰辛的动植物保护工作、体验学习制作动植物模型及标本；室外可欣赏黑河美景、登山远眺、科考探险、森林游戏、亲子野营以及学习野外急救知识。